Desa Waru berdiri diperkirakan pada jaman Kerajaan Mataram pada Tahun 1865, hal ini berdasarkan dari sumber yang diperoleh dari sesepuh Desa Waru yang namanya sudah dikenal di Manca Desa yaitu Bapak Sadan sekaligus tokoh masyarakat dan tokoh pujangga lama yang sekaligus mengetahui adanya kuwu Desa Waru, dan sebutanya bukan Kuwu melainkan Kuco.

Konon ceritanya pada jaman dahulu kala atau jaman sebelum belanda menjajah bangsa indpnesia kususnya wilayah indramayu. Asal mula Desa Waru dipimpin oleh Ki Murnu, setelah itu di Desa Waru dibagi dua wilayah :

Setelah dibagi wilayah Waru dan Kedung maka Ki Murni mengundurkan diri dan digantikan oleh Ki Senjor dan Nasingkem, Ki Senjor memimpin wilayah waru dan Nasingkem wilayah kedung. Nasingkem sendiri berasal dari tebelah yang konon katanya dikenal dengan keberanian dan jawaranya, namun pada waktu itu kedua wilayah sama-sama tidak memiliki kantor desa. Setelah Ki Senjor dan Nasingkem sama-sama mengundurkan diri, maka kedua wilayah tersebut dipimpin oleh satu orang lagi bernama Ki Mandra. Masyarakat merasa gelisah dan selalu komplai atau selisih pendapat, maka disaat masyarakat merasa gelisah dan selisih pendapat ada seorang sepuh Kedung bernama Ki Rebig tokoh Pujangga dari Jawa Timur yang tinggal di Desa Kedung. Ki Rebig memberikan tanah wakaf kepada Ki Mandra untuk membangun Kantor Desa dan sekaligus menyatakan wilayah Kedung dan Waru menjadi satu wilayah. Yaitu Desa Waru dan wailayah kedung dijadikan blok dan Kantor Desa terletak di wilayah kedung karna pepatah mengatakan bahwa nanti disaat jaman sudah ramai yang akan memimpin Desa Waru masih keturunan Ki Rebig.

Namun sebelum wilayah waru dan wilayah kedung dijadikan satu yaitu Desa Waru ditengah-tengah wilayah tersebut yang ada makam Raden Wirajambu. Konon kabarnya raden Wirajambu adalah seorang Patih Kerajaan cirebon atau Kesulatan Cirebon. Beliau merasa lelah dan kecapean mengabdi pada pemerintahan Cirebon dan beliau memutuskan meninggalkan kesulatanan Cirebon dan mau menetap/ tinggal bersama sahabatnya yang bernama Ki Bayong yang tinggal di Desa Waru. Namun sebelum Raden Wirajambu meninggal dunia beliau berpesan memberi wasiat kepada KI Bayong, pesan tersebut adalah : Tulung Ki Bayong Besuk Raden Wirajambu meniggal dunia minta dikuburkan diperbatasan wilayah Waru dan Kedung yang sekarang dikenal sebagai makam buyut Bayong yang terletak di Rt. 07 Rw. 01 di Blok Kedung.

Adapun masyarakat yang pernah memimpin Desa Waru sebagi beriku  :

Demikian ringkas cerita sejarah asal mula Desa Waru kurang lebihnya kami team penulis mohon maaf yang sebesar-besarnya